1913 Création de l’escadrille HF19 à Lyon sur avions Henry Farman qui sera affectée au 13° Corps d’Armée avec lequel elle travaillera pendant toute la guerre. On l’appelle l’escadrille des Bougnats. Elle termine la guerre avec onze victoires aériennes et reçoit la fourragère aux couleurs de la Croix de guerre avec trois citations.
1914 Création en décembre 1914 de l’escadrille V104 sur avions Voisin. En 1918, cette escadrille passe sur Bréguet XIV, devenant ainsi la Br 104, escadrille d’observation de la première Division marocaine. D’où son nom des Turcos. Elle reçoit aussi la fourragère aux couleurs de la Croix de guerre, avec une victoire aérienne et quatre citations.
1920 Après la guerre, l’escadrille HF 19 devient 1°escadrille du 33° RAO et l’escadrille V104 devient 12° escadrille du 33° RAO, créant à elles d’eux le premier groupe de reconnaissance.
1937 A la suite de la création du groupe de reconnaissance 2/52, les deux escadrilles de la Première guerre mondiale, la HF 19 et la BR104, se retrouvent réunies en 1939 au sein de ce même groupe de reconnaissance. Au déclenchement des hostilités, le 2/52 est en cours de transformation sur Potez 63. Il devient groupe de reconnaissance organique de la V° Armée. Il effectue de nombreuses missions photographiques et de reconnaissance dans des conditions très difficiles, en raison de la supériorité de la chasse adverse, 4 avions abattus, 3 pilotes et 2 mitrailleurs tués dont les deux commandants d’escadrille, le lieutenant Pincson du Sel et le capitaine Belbeze.
1943 en juin 1940, le groupe 2/52, qui fait partie des unités conservées en exécution des clauses de l’armistice, passe en AFN. Mis en sommeil pendant quelques mois après le débarquement allié, il est équipé de nouveau en Douglas DB 17 au début de 1943 et le 1er septembre de cette année là devient groupe de bombardement moyen.
Le 30 octobre, le groupe s’installe à Médouina, commence son entraînement au bombardement et constitue des équipages en vue du départ pour le « training » américain sur B26 Marauder à Télergma. C’est à ce moment que le groupe prend le nom de « Franche-Comté ».
1946 A la fin de la guerre, il compte parmi les sept groupes de bombardement moyen et constituant deux escadres au sein de la onzième brigade de bombardement, dont la mise en œuvre pour des mission de transport est confiée au GMMTA dès sa création, le 21 mai 1945. En mars 1946, la onzième brigade de bombardement est dissoute mais deux groupes sont maintenus sous le commandement du GMMTA dont le Franche-Comté. Ce dernier s’installe à Blida et, le 1er mai 1946 est créée la 62° escadre comportant le « Franche-Comté » qui devient groupe de transport et prend le numéro 2/62. Le 18 juin, le groupe reçoit la fourragère aux couleurs de la Croix de Guerre et le 6 novembre, la fourragère aux couleurs de la Médaille Militaire.
1949-1955 La 62° escadre aura une existence éphémère : elle sera dissoute en août 1949 au moment où le « Franche-Comté » passera sur Toucan et partira pour l’Indochine.
Le groupe se base à Bach Maï et entre en opérations dès le 3 octobre. En février 1950, un tiers des avions sont transformés en bombardiers. Le 27 mai 1950, le groupe coopère brillamment à la reprise du poste de Dong Khé lui valant une citation à l’ordre de l’Armée de l’air. En septembre se déclenche la grande offensive viet sur la RC4 : les Toucan du groupe sont immédiatement mis à contribution.
Le commandant Paoli, commandant du groupe depuis le 24 mars 1951, disparaît le 29 juin avec son équipage au cours d’une mission de bombardement sur Van Cap.
Après deux ans d’opérations, le groupe a effectué 16.800 heures de vol en 8778 sorties dont 7388 missions de guerre, 55 avions ont été touchés par la DCA et deux avions perdus.
En novembre 1951, les C47 remplacent les Toucan. L’activité du groupe demeurera aussi intense les années suivantes, il participera à la bataille de Dien Bien Phu et rentrera en France en novembre 1955.
1955 Intégré à la 61° escadre de transport, à Orléans, le Franche Comté reçoit des Nord 2501 en remplacement de ses Dakota et il devient escadron de transport 2/61. Le 28 mai 1964, lors du 6° congrès du transport, le 2/61 remporte la coupe Noratlas.
1969 En juillet, c’est la transformation sur C160 Transall. Le « Franche-Comté » participe avec cet appareil, de 1970 à 1973, à une série de missions humanitaires : Pérou, Pakistan, Nicaragua, Sahel…et à partir de 1975 aux opérations africaines.
L’escadron remporte la coupe Transall aux 10ème et 11ème congrès du transport. En fin 1977, il totalise près de 50 000 heures de vol sur C160.
1987 En décembre, c’est la transformation sur C130 « Hercules »
1991 Arrivée du 12ème C130.
1995 Célébration des 50.000 heures du C130
1996 Arrivée du lieutenant Trochu au Franche-Comté, premier pilote féminin en escadron tactique.
Dissolution de la 61ème escadre de transport : l’ET 2/61 « Franche-Comté » devient autonome en prenant à sa charge la mise en œuvre et la maintenance des C130.
1997 Arrivée des 13ème et 14ème C130
1998 Janvier : arrivée du deuxième pilote féminin au « Franche-Comté »